Siedziba muzeum

Włocławskie Muzeum Diecezjalne znajduje się w dawnym kolegium wikariuszy katedralnych, przy placu Mikołaja Kopernika 3. Budynek został wzniesiony w latach 1732 -1736 staraniem biskupa Krzysztofa Antoniego Szembeka. Pierwotnie budynek obecnego Muzeum Diecezjalnego we Włocławku miał charakter barokowego założenia pałacowego z ogrodem. Była to budowla parterowa ze skromną dekoracją sztukatorską, usytuowana elewacją frontową na wschód, w stronę nieistniejącej dziś ulicy Świętego Jura. Dwa piętra dobudowano w 1908 r. Niestety, po 1945 r. budynek znacznie przebudowano, pozbawiając go cech stylowych. Należy dodać, że już po śmierci fundatora, w XIX i XX wieku, budynek był użytkowany m.in. jako Archiwum Obwodu Kujawskiego, szkoła i biura konsystorza biskupiego. Ostatnim użytkownikiem gmachu, w latach 1945-1989, była Milicja Obywatelska.
Budynek murowany z cegły, założony na rzucie prostokąta z ryzalitami. Ryzality skrajne jednoosiowe, środkowy od wschodu wydatny, trójosiowy. Po przejęciu gmachu przez Kościół przeprowadzono restaurację parteru z przystosowaniem do ekspozycji muzealnych. Przywrócono dawny blask pomieszczeniom, które za wyjątkiem małego pokoiku mającego sufit, posiadają sklepienia żaglaste. Największe pomieszczenie, dawna sień pałacu, posiada bogate sklepienie w formie krzyżujących się dwóch par szerokich gurt. W 2011 r. rozpoczęto rewitalizację i rozbudowę Muzeum Diecezjalnego w ramach programu Rewitalizacja obiektów kultury Diecezji Włocławskiej we Włocławku. Prace remontowo – budowlane przeprowadzono dzięki wsparciu Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego w ramach Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa Kujawsko – Pomorskiego na lata 2007 – 2013 oraz ze środków budżetu Województwa Kujawsko – Pomorskiego. Zniesiono drugie piętro, przywrócono elementy dekoracyjne elewacji i stromy dach. Od wschodu powstała nowoczesna sala ekspozycji czasowych połączona łącznikiem z budynkiem głównym, w którym są magazyny i pracownie konserwatorskie.